Melihat dari beberapa pendapat para tokoh sosiologi tersebut di atas, bahwa modernitas menyatakan sedemikian rupa pengaruhnya terhadap lingkungan pesantren, jika pesantren masih tetap mempertahankan tradisi-tradisi lama yang tidak relevan lagi dan tidak menyerap hal-hal baru yang dapat mendukung keberadaan pondok, secara otomatis pondok akan berangsur-angsur tergerus oleh arus modernitas.

Seperti halnya pondok yang mengikuti gaya kepemimpinan yang terpusat pada kiai serta gaya pemilihan pemimpin secara turun-temurun yang telah mentradisi di lingkungan pesantren, di era modernitas seperti saat ini, tidak salah juga hal itu masih tetap dilakukan, akan tetapi dengan menggunakan birokrasi yang rasional sesuai dengan teori modernitas nya weber, yakni dengan sistem menejemen yang terstruktur dimana kepemimpinan tertinggi adalah kiai, namun tetap menghiraukan menejemen organisasi yang tepat.

Hal ini perlu direkonstruksi secara kreatif berdasarkan nilai-nilai modernitas dan nilai Islam itu sendiri, manajemen kharismatik itu tidak perlu dieliminasi tapi disandingkan dengan pola rasional dan dibingkai dengan nilai-nilai moralitas agama. Melalui strategi tersebut keterkaitan dua unsur itu akan melahirkan suatu menejemen yang modern tanpa harus kehilangan roh nya yang bersifat moral. kepemimpinan kharismatik dapat dikatakan bernuansa moral karena charisma tersebut pada umumnya bermuara pada otoritas keulamaan dalam masalah kedalaman ilmu, ketinggian pribadi, pengelolaan yang hati-hati dalam hubungan-hubungan personal dengan anggota masyarakat muslim, serta pembinaan reputasi individual. Hal ini menunjukan bahwa charisma ulama berdasar pada keteladanan moralitas yang mereka miliki.

Dalam ungkapan lain, pada satu sisi, moralitas diharapkan tetap memiliki ruang cukup luas sebagai bingkai keseluruhan proses penanganan dan pengelolaan pendidikan pesantren, pada sisi lain, unsur-unsur menejemen dikembangkan secara intens tanpa harus terperangkap pada pola-pola mekanistik yang sangat kaku.

Dengan demikian, jika pola menejemen pondok di atur sedemikian rupa, yaitu dengan mengembangkan menejemen yang tepat sesuai situasi kondisi zaman saat ini tanpa harus menghilangkan roh pesantren (gaya kepemimpinan yang kharismatik dan pemilihan pengasuh yang turun-temurun), masalah-masalah seperti halnya hilangnya kepercayaan masyatakat terhadap pondok karena pengasuh baru yang tidak sesuai dengan masyarakat, serta hilangnya control dan kedisiplinan para santri dapat diminimalisir.

Sehubungan dengan hal tersebut, pondok pesantren perlu merubah sistem pemilihan pimpinan ke arah sistem yang lebih ideal yang disertai dengan kaderisasi yang memadai. Selain itu, seorang kiai sebagai pemimpin di pondok pesantren jelas memerlukan suatu respon yang tepat untuk dapat menumbuhkan dan membangun pesantren menjadi lembaga pendidikan yang dapat memberikan keuntungan bagi semua pihak.

Jika birokrasi pondok terstruktur dengan baik, ketika kiai tiada, pondok tersebut tidak akan kehilangan esensinya sebagai pondok, dan kepercayaan masyarakat pun akan tetap utuh, serta santrinyapun akan tetap terus bertambah dengan output yang tetap berkualitas. Karena itulah untuk menyikapi hal ini perlu kiranya mengoptimalisasi prilaku kepemimpinan, karena efektivitas kepemimpinan setidaknya harus dapat menjalankan fungsinya dalam hal merencanakan, mengorganisasi, mendelegasikan tugas, dan memberikan motivasi. Karena kemajuan suatu pesantren tidak akan terlepas dari pengelolaan manajemen pondok pesantren itu sendiri dalam mencapai tujuan yang diinginkan. Untuk itulah pondok pesantren perlu konsisten untuk menerapkan model kepemimpinan kolektif, dalam artian mengurangi ekslusifitas peran kiai yang bergitu dominan.