Lebih lanjut, dalam iklim kompetitif seperti sekarang ini, sulit bagi pesantren untuk hidup dengan baik jika tidak memiliki kemampuan untuk mengubah diri dengan cepat dan mampu berkembang seiring dengan berbagai tuntutan stakeholder. kondisi ini berlaku hampir pada keseluruhan pesantren yang bersifat profit dan nonprofit. pesantren sebagai lembaga pendidikan yang termasuk lembaga nonprofit juga  tidak terlepas dari fenomena ini, itulah sebabnya dalam banyak hal pesantren harus mengetahui berbagai harapan dan kebutuhan stakeholder.

Tidak perlu disangkal, ketika banyak kalangan memandang lemah bahkan mengklaim problematika internal pondok pesantren terletak pada manajemen. terlepas dari keberhasilannya selama ini, pondok pesantren diakui, mampu mendidik para santrinya menjadi manusia yang shalih, menjadi mubaligh, serta para cendekiawan yang kemudian menjadi pemimpin di tengah-tengah masyarakat, baik formal maupun informal yang kini tersebar di seluruh pelosok nusantara ini.[9]

Sudah menjadi Common sense bahwa pesantren lekat dengan figur Kiai. Kiai dalam pesantren merupakan figur sentral, otoritatif, dan pusat seluruh kebijakan dan perubahan. Hal ini erat kaitannya dengan dua faktor berikut. Pertama, kepemimpinan yang tersentralisasi pada individu yang bersandar pada kharisma serta hubungan yang bersifat patenalistik. Kebanyakan pesantren menganut pola ”serba mono”, mono-manajemen dan mono-administrasi sehingga tidak ada delegasi kewenangan ke unit-unit kerja yang ada di organisasi. Kedua, kepemilikan pesantren bersifat individual (atau keluarga), bukan komunal. Otoritas individu kiai sebagai pendiri sekaligus pengasuh sangat besar dan tidak bisa diganggu gugat. Faktor nasab (keturunan) juga kuat sehingga kiai bisa mewariskan kepemimpinan pesantren kepada anak yang dipercaya tanpa ada komponen pesantren yang berani memprotes.[10]